对于黄克瓒的奏疏，朱常洛也予以了批复：“案情未明，先以厂卫鞠审之，尔后再交法司。”

对于齐楚浙的上疏，朱常洛也予以留中不发，同时让方从哲和齐楚浙党协商，让他们闭嘴，这次朱常洛已经算是沉重打击了东林的势力，齐楚浙党也不要得陇望蜀了。

同时首辅方从哲上请禁山人游食疏，请求朱常洛严禁山人游食，朱常洛将方从哲的奏疏下阁部商议，不管是内阁还是各部院，其实都是对于这些山人深恶痛绝的，而且朱常洛之前命令厂卫、顺天府等衙门严厉抓捕京师山人，就很能够反应朱常洛对于此事的态度了。

其中尤其以刑部尚书黄克瓒为首，他主张以严刑峻法对付这些山人，一经拿获，即处以流放、充军等重刑，但是吏部尚书申用懋加以反对。

申用懋上疏认为对于山人，严加禁绝只是治标，而不能治本，山人产生的原因还是有限的名额与无限的考生之间的尖锐矛盾。科举中式者毕竟是极少数。对于绝大多数落第士子来说，更为实际的问题是何以谋生。随着考生数量的激增，真正能提供的官位相对减少，僧多粥少的矛盾越来越突出。

申用懋在奏疏中说道：“天下士岁试南宫者，无虑数千人，而得者十不能一。一生心血，半为举子业耗尽者，数以万计，而东南尤多。”

这点也是现在确实存在的问题，不少的生员甚至主动放弃自己的生员身份，声称：“生序如流，功名何物揣摩一世，真拈对镜之空花收拾半生，肯作出山之小草。故于广众大庭，预绝仕进之路。”

所以申用懋说道：“山人墨客，标榜成风。稍能书画诗文者，下则厕食客之班，上则饰隐君之号，借士大夫以为利，士大夫亦借以为名。而朝廷但以严旨禁绝之，恐非良策。”

申用懋认为除了严旨禁绝之外，朝廷也要拓宽出仕的道路，解决这些山人的生计问题，同时从中选拔有真才实学的人，为朝廷所用。

但是申用懋的奏疏遭到了刑部尚书黄克瓒、左都御史张问达的反对，他们两人都是对于山人群体极为不感冒的人，尤其是张问达，当年李贽敢于批判朱熹等封建礼学，敢于反对以孔丘之是非为是非的传统观念。张问达劾其为“邪说惑众”，将其拿捕，至于李贽身死。

他对于山人，更是不感冒，在奏疏中，张问达认为：“世之为山人者，岁月老于车马名刺之间，案无恢书，时时落笔，吟啸自得，而好弹射他人，有本之语，口舌眉睫，若天生是属啮咦人者。好树党结援，减否人物，议论时事，树党相嘘，阳树德而阴钓名，侥幸荐举于万一。”

同时张问达也指出这些山人品德败坏，难堪大任，张问达在奏疏中指出：“于酒色有沉癖。一旦之间，非酒不甘，非妓不寝。礼法之士深恶之，惟祁氏兄弟竭力资给之。每先生至，辄为置酒呼妓川。名为入道，不茹荤，顾特恋诸妾童，自言一夕可度十男女，其可笑如此。”